国子监是中国元、明、清三代国家管理教育的最高行政机关和国家设立的最高学府，而孔庙则是皇家祭孔之地，两者相伴，形成“左庙右学”。新中国成立后，国子监里开设为首都图书馆，首都博物馆则在孔庙内建立。
　　2004年，“蜗居”在孔庙和国子监内的首图、首博陆续迁出。2005年，北京市政府拨款2000万元，专项用于孔庙国子监大修，孔庙与国子监合并成一个博物馆，重新对外开放。
　　北京孔庙和国子监具有700多年的历史，在北京是绝无仅有的。从原先的图书馆与博物馆转化为专门的博物馆，北京孔庙和国子监博物馆在保持了国子监与孔庙原有面貌的前提下，陈设6个长期展——4个基本展：《大哉孔子》、《北京孔庙历史沿革》、《中国科举制度》、《国子监原状陈列》。2个复原展位于孔庙和国子监中路，再现清末祭孔和皇帝讲学时的状况。